三趾心顱跳鼠體型小，體長(cháng)一般不超過(guò)60毫米。尾細長(cháng)，約為體長(cháng)的兩倍，尾毛稀疏，尾鱗可見(jiàn)，尾末有稀疏束狀長(cháng)毛，尾基于夏秋季變粗。后肢比前肢長(cháng)，后肢為三趾，趾下有長(cháng)毛形成刷狀毛墊。頭部顏色淡沙黃色，背部毛色土棕灰色或灰紅棕色，體側較淺，腹部及前后肢白色。尾部淺灰棕色，尾上部較下部顏色深，尾末端毛色灰褐色，尾端散射的長(cháng)毛為白色污黃色。頭骨結構特殊，顴弓不外擴，前部寬，顴突腹面突起尖長(cháng)，長(cháng)度超過(guò)顴弓后部長(cháng)度的一半，聽(tīng)泡發(fā)達。該物種被列為IUCN 2013年瀕危物種紅色名錄中的易危物種(VU)。